首先我们必须要知道，细菌、真菌、放线菌和病毒都属于微生物。微生物对我们生产和生活的影响，可以说是无处不在，对从事农业生产来说也不例外。它既有积极的一面，也有消极的一面。
一 细菌
细菌是单细胞生物，具有一定的形状，如螺旋状，杆状，球状等。有细胞壁，但无细胞核。细菌种类繁多，在土壤里的细菌种类数以万计，是自然界中种类最多的微生物。
大致可分为好氧菌和厌氧菌。大多数好氧菌是有益菌，他的代谢产物，可以被植物根部利用。厌氧菌大多数是有害菌，会分泌毒素，给植物造成毒害。在土壤中厌氧菌和好氧菌是同时存在的。只是土壤的环境适合哪个菌群的生长，哪个菌群就会占优势。这也是为什么土壤要保持疏松透气，植物才能健康的生长的原因。我们平时用的菌肥，如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等等，都是好氧细菌。如果土壤板结不透气即使用了也不会有什么好的效果！
细菌性病害如果发生在根部往往会出现稀烂，发臭的现象。发生在叶子上，会有不同形状的病斑，干枯，发黄或病灶部位变半透明状，没有菌毛或菌粉产生。
二 真菌
真菌大多数也是单细胞生物，有完整的细胞壁和细胞核。属于寄生性微生物。自己会产生菌丝来分解和吸收现成的有机营养，来完成自身的裂变与生长。我们常见的蘑菇、木耳等各种食用菌，都属于真菌。
对植物来讲， 尤其是多年生的植物，真菌会在植物的根部形成菌根共生。真菌靠植物根部的有机营养存活，而真菌的菌丝能延绵数公里，为植物根部提供根部本身所达不到范围内的营养。
真菌的生长，也需要充足的氧气！所以也需要疏松透气的土壤。真菌性病害在根部表现为干枯，死亡。在叶子上的表现！与细菌性病害有所不同。他会产生白色、粉色或黑色等不同颜色的菌毛、菌粉或小颗粒等分泌物。
三 放线菌
放线菌是细菌的一种！呈菌丝状生长，主要以孢子繁殖，因菌落呈放射状而得名。大多数的放线菌是对植物有益的。他的代谢产物就是天然的抗生素。人工合成的抗生素，就是利用人工培养放线菌所得，如连霉素，土霉素等。
四 病毒
病毒是个头最小的微生物。结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。他离开了宿主细胞就无法存活。病毒对动物和植物都是有害的。如现在令全世界人头疼的新冠病毒！
对植物来讲，感染病毒主要有两个途径： 第一植物本身在苗期就带毒。这也是为什么我们搞种植要用脱毒苗。第二就是通过害虫的叮咬传播，传播病毒的害虫如蓟马和蚜虫等。这也是为什么我们种植的作物一旦发生病毒首先就要杀虫，切断传播途径。
病毒也并不是一无是处，可以人工合成病毒，用来制造生物杀虫剂，如用棉核多角体病毒来杀棉铃虫等。
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